水利甲级监理公司对文件进行定期的核对是确保整改工作顺利进行和文件管理规范的重要步骤。以下是可能采取的方法和步骤：

1. **制定核对计划：** 监理公司应该制定定期的文件核对计划，明确核对的频率、时间和具体内容。这有助于确保核对工作得到有效实施。

2. **确定核对内容：** 在核对计划中明确需要核对的文件内容，包括整改计划、整改报告、整改记录、验收报告等。确保覆盖整改工作的各个环节和重要文件。

3. **指定责任人：** 每次核对应该指定专门的责任人或小组负责，负责实施核对工作并记录核对结果。这有助于提高核对工作的质量和效率。

4. **核对文件完整性：** 核对人员应该逐一检查每份文件，确认其完整性和准确性，确保文件包含了必要的信息，并与之前的版本进行比对。

5. **检查文件更新：** 确保核对的文件是最新版本，及时更新过期的文件，并记录更新的时间和版本信息。

6. **审查文件规范性：** 检查文件的格式和规范性，确保文件的呈现方式符合规定的要求，例如文件编号、文件命名规范等。

7. **与实际情况比对：** 将文件中所述的整改情况与实际工程现场情况进行比对和核实，以确保文件中所载内容的准确性和实际符合度。

8. **记录核对结果：** 记录每次核对的结果，包括核对的文件清单、发现的问题、整改建议等，以备后续跟踪和汇报使用。

通过定期的文件核对，水利甲级监理公司可以及时发现问题并提出整改建议，确保文件管理的规范性和整改工作的顺利进行。