水利工程甲级监理公司在项目综合预算估算方面会采取一系列方法和技巧，以确保估算准确、合理。以下是通常情况下水利工程甲级监理公司进行项目综合预算估算的主要步骤：

1. 收集项目信息：监理公司会收集项目的相关信息，包括项目范围、设计文件、技术要求、土地环境等。这些信息是进行预算估算的基础，对项目了解越充分，预算估算的准确性越高。

2. 学习市场价格和行情：监理公司会研究和了解当前市场的价格走势和行情。他们会关注土建材料、设备、人工等方面的价格变化，并考虑市场供求关系对价格的影响。

3. 借鉴历史数据和经验：监理公司会回顾类似项目的历史数据和经验，以便更好地进行估算。他们会借鉴过去类似项目的投资情况，结合当前项目的特点和要求，进行类比分析和调整。

4. 分项分析和估算：监理公司会对项目的各个分项进行详细的分析和估算。例如，根据设计文件，对土方开挖、基础工程、钢筋混凝土结构、地下排水、设备安装等项目进行分项估算，以确定各项工程所需费用。

5. 风险和不确定性评估：监理公司会评估项目中的风险和不确定性因素对预算的影响。他们会对可能的风险进行分析，如施工难度、材料市场变动、工期延误等，并对其进行影响评估和预留费用。

6. 编制预算报告：最后，监理公司会编制综合预算报告，将各项估算结果综合汇总，并提供详细的说明和解释。报告中会包括项目总预算、各项费用明细、参数假设、风险评估和不确定性处理等内容。

通过以上步骤，水利工程甲级监理公司能够进行科学合理的项目综合预算估算。这有助于项目方了解项目的经济状况，为项目的决策和投资提供参考，有效控制项目预算，并在项目实施过程中提供有力的经济管理支持。