水利甲级监理公司在监督水利工程施工过程中，如果发现施工单位存在违规行为，可能采取以下措施：

1. **现场指出问题：** 监理工程师在巡查或检查时可能会发现违规行为，会现场指出并告知施工人员。

2. **制发整改通知书：** 如果违规行为比较严重，监理公司可能会制作整改通知书，要求施工单位立即整改，同时确定整改时限和责任人。

3. **通报建设部门：** 如果情况比较严重，监理公司可能会向建设部门通报违规行为，以便建设部门加强监管力度。

4. **暂停工程或拒绝验收：** 如果违规行为严重并且整改不力，监理公司可能会建议暂停工程施工或拒绝验收，以确保工程的质量和安全。

常见的施工单位违规行为可能包括以下类型：

1. **擅自修改设计方案：** 施工单位未经监理同意，擅自采取修改设计方案的行为，可能会影响工程质量和安全性。

2. **违反施工规范：** 施工单位可能未按照施工规范进行施工，如施工过程中未使用规范材料、不合理的使用施工工具等。

3. **超限施工：** 施工单位可能超范围施工，超过施工许可的范围，可能会导致工程质量和安全的风险增加。

4. **超时施工：** 施工单位可能在限定时间内未能完成工程或超时施工，影响工程进度和安全。

5. **安全管理不当：** 施工单位的安全管理可能不到位，如作业区域未设置警示标志、照明设备不足等，可能会造成工人伤害或事故发生。

水利甲级监理公司会对发现的违规行为采取相应的措施，督促施工单位及时整改，确保工程的质量和安全。