水利工程甲级监理公司根据评估结果编制评估报告的流程如下：

1. 汇总评估结果：监理公司将对施工方案、工程进展以及质量控制等方面的评估结果进行汇总。他们会整理相关数据和观察结果，确保评估报告准确反映实际情况。

2. 分析问题和存在的风险：监理公司会在评估报告中详细列出评估过程中发现的问题和存在的风险。这可能包括施工方案不合理、质量控制不达标、进度延误、安全隐患等方面。

3. 提出改进建议：监理公司将根据评估结果提出具体的改进建议。他们会针对问题和风险，提出相应的解决方案和措施，以及后续工作的调整和改进方向。

4. 报告撰写和组织结构：监理公司将组织专业人员进行报告撰写工作。这些人员通常由技术专家、工程师和评估人员组成，确保报告内容准确、清晰、易于理解。

5. 报告内容：评估报告通常包括项目概况、评估目的、方法和过程的描述，以及评估结果的总结。报告还会详细罗列发现的问题和风险，提供改进建议和解决方案，并附上相关的数据、图表和照片作为支持。

6. 报告审核和审批：监理公司会进行内部的报告审核和审批流程，确保报告的准确性和可靠性。这包括对报告内容、结论和建议进行审查，并与其他参与方进行协调和确认。

7. 报告提交和反馈：监理公司将及时将评估报告提交给委托方，供其审核和参考。同时，他们还会向施工单位提供报告，与施工单位共同探讨存在的问题和改进方案，并跟踪改进的实施情况。

通过编制评估报告，水利工程甲级监理公司能够对评估结果进行系统梳理和整理，为委托方和施工单位提供全面而准确的评估结果，同时也为后续决策和工程改进提供依据。