水利工程甲级监理公司在评估报告中会详细列出评估过程中发现的问题。这些问题可能涉及各个方面，包括但不限于以下几个方面：

1. 施工方案的不合理或缺陷：评估过程中可能会发现施工方案存在缺陷或不符合相关技术要求。监理公司会列出具体问题，如设计参数错误、施工工艺不合理、施工顺序冲突等。

2. 质量控制不达标：评估过程中可能会发现质量控制工作存在不达标的情况。监理公司会列出具体问题，如施工材料不符合标准、施工工艺操作不规范、质量检测不合格等。

3. 进度管理不合理：评估过程中可能会发现施工进度管理存在问题。监理公司会列出具体问题，如进度计划与实际施工进展不符、工期拖延原因未解决等。

4. 安全隐患存在：评估过程中可能会发现安全隐患存在的情况。监理公司会列出具体问题，如施工现场安全设施不完善、工人操作不符合安全规范等。

5. 环境保护问题：评估过程中可能会发现环境保护方面存在问题。监理公司会列出具体问题，如施工现场排污不达标、施工过程中对环境的损害等。

6. 其他问题：评估过程中还可能发现其他与工程质量、进度和安全相关的问题。监理公司会列出具体问题，提供细节描述和相应的建议。

评估报告中详细列出评估过程中发现的问题，有助于委托方和施工单位全面了解工程存在的难题和风险。在报告中列出问题，可以帮助相关方针对问题制定具体的改进措施和解决方案，以确保工程最终符合质量要求、进度要求和安全要求。