水利甲级监理公司在核对文件的完整性时，通常会采取以下步骤和方法：

1. **文件收集：** 监理公司要求相关施工单位提供整改相关文件，如整改计划、整改报告、整改记录、验收报告等。监理公司需要确保所有文件都被收集到。

2. **文件清单制作：** 对于收集到的文件，监理公司会制作一份文件清单，详细列出每份文件的名称、编号、版本、提交时间等信息，以便于核对和管理。

3. **核对文件清单与实际文件：** 监理公司会逐一核对文件清单上列出的每份文件是否实际存在，确保没有遗漏任何重要文件。

4. **核对文件的完整性和准确性：** 监理公司会对每份文件的内容进行核对，确保文件中包含了整改的全部必要信息，如整改内容、整改责任人、整改期限、整改措施等。

5. **核对文件的格式和规范性：** 监理公司还会核对文件的格式和规范性，确保文件的呈现方式符合规定的要求，例如文件编号、文件命名规范等。

6. **与实际情况比对：** 监理公司会将文件中所述的整改情况与实际工程现场情况进行比对和核实，以确保文件中所载内容的准确性和实际符合度。

7. **提出意见或建议：** 如果在核对过程中发现文件不完整或存在疑点，监理公司会及时提出意见或建议，要求施工单位补充完善或作出修改。

通过以上方法，水利甲级监理公司可以有效核对文件的完整性，保证整改工作相关文件的完整和准确，从而促进工程质量的提高和整改工作的有效进行。