水利工程甲级监理公司对每份文件的检查是确保整个监理过程中文件管理的关键环节。这个过程需要严谨和系统性，以下是可能的检查步骤和方法：

1. **文件完整性检查：** 检查每份文件是否完整，包括文件的每个部分和附件是否齐全。确保文件中没有遗漏重要信息的情况发生。

2. **文件准确性核对：** 核对文件中的内容是否准确，包括整改内容、责任人、期限等信息是否与实际情况相符。确保文件中的信息真实可靠。

3. **文件更新情况审查：** 检查文件的更新情况，确认是否使用了最新版本的文件。特别是在长时间的整改过程中，文件可能会有更新，需要及时核实。

4. **文件格式规范性审查：** 检查文件的格式和规范性，确保文件的呈现方式符合相关的标准和要求，例如文件编号、文件命名规范等。

5. **文件清单核对：** 核对文件清单与实际文件是否一致，确保所有列出的文件都已经收集到，并且没有遗漏。

6. **与实际情况比对：** 将文件中描述的整改情况与实际工程现场情况进行比对和核实，以确保文件中所载内容的准确性和实际符合度。

7. **记录检查结果：** 对每份文件的检查结果进行记录，包括发现的问题、需要整改的地方、已经确认无误的文件等，以备后续的跟踪和汇报使用。

通过以上的检查步骤和方法，水利工程甲级监理公司可以有效地检查每份文件，确保文件管理的规范性和整改工作的顺利进行。