水利监理公司在进行环境整治效果评估时，可以采取以下步骤：

1. 确定评估指标：根据整治项目的性质和目标，确定评估所需的指标体系。评估指标可以包括环境质量指标（如水质、空气质量、土壤质量等）、生态指标（如植被恢复情况、物种多样性等）、污染物排放指标、社会影响指标等。确保指标体系全面反映整治效果。

2. 数据采集与监测：通过环境监测和数据采集，收集整治后的环境数据。可以采用实地调查、定点采样、遥感技术等方法获取相关数据。确保数据的准确性和可靠性。

3. 数据分析与处理：对采集到的环境数据进行分析和处理。比较整治前后的数据变化，评估整治工程对环境质量的影响。可以采用统计分析、GIS技术、模型计算等方法，根据评估指标对数据进行处理和解读。

4. 效果评价与对比：根据数据分析的结果，对整治效果进行评价。将整治前后的数据进行对比，评估整治工程的成效和改善程度。可以将评估结果与预期目标进行对比，判断整治工程是否达到预期效果。

5. 编制评估报告：在评估完成后，水利监理公司需编制整治效果评估报告。报告应包括整治前后的数据对比、评估结果、问题和建议等内容。报告需要清晰、详细地呈现整治工程的效果，并提供改进建议和措施。

6. 反馈与改进：评估报告完成后，水利监理公司需与业主和相关部门进行沟通，反馈评估结果和建议。根据评估结果，提出改进意见，帮助优化环境整治工程的进行。

综上所述，水利监理公司在进行环境整治效果评估时，需要从数据采集、分析处理到评价报告的编制，全面评估整治工程对环境质量和生态状况的改善效果。评估结果将为进一步改进和优化环境整治工程提供科学依据。