水利监理公司在进行水土保持工程平行检查时，可以采用以下手段：

1. 实地巡查：监理人员前往水土保持工程现场进行实地巡查，检查施工过程中的各项措施是否符合设计要求和相关规范。他们可以观察工程进展情况、施工操作和材料使用情况等，并记录下发现的问题和建议。

2. 文件资料审查：监理人员会仔细审查水土保持工程的施工图纸、技术文件、设计说明书、合同文件等相关资料，以核实工程的合规性和完整性。他们会比对设计要求和实际施工情况，查看是否存在不一致或缺失的情况。

3. 数据分析与测量：监理人员可以通过对工程现场进行测量和数据收集，例如地形测量、土壤采样、径流观测等，来评估水土保持工程的效果和质量。他们还可以对数据进行分析，比较实测数据和设计指标，判断工程是否达到要求。

4. 交流与访谈：监理人员可以与水土保持工程的施工单位、设计方和业主进行交流与访谈，了解他们对工程的认识、操作方法和控制措施，并提出问题和建议。这样可以更好地了解工程的具体情况，及时解决问题和改进不足之处。

5. 报告整理与反馈：监理人员将进行的检查、观察和调查结果整理成报告，并向相关方面反馈。报告会详细列出工程存在的问题、风险和建议的改进措施，以促使水土保持工程得到及时修正和完善。

通过以上手段，水利监理公司可以对水土保持工程进行全面而有效的平行检查，确保工程符合要求、质量可控，并及时发现和解决问题，保障水利工程的稳定和可持续发展。