水利工程甲级监理公司在制定进度控制方案时，通常会考虑以下要素：

1. 工程目标和要求：监理公司会充分了解工程的目标和要求，包括完成日期、交付标准等。这些目标和要求将作为制定进度控制方案的基础，确保项目按时完成。

2. 工程分解和排程：监理公司会对工程进行分解和排程，将整个工程分为各个工作任务，并确定它们之间的逻辑关系和优先级。这有助于制定详细的进度计划，确定各项工作的开始时间和完成时间。

3. 关键路径分析：监理公司会进行关键路径分析，确定影响工期的关键活动和关键路径。关键路径是指对于项目完成日期具有最大影响力的路径，监理公司会特别关注这些关键活动，以确保它们能按时完成。

4. 人力资源和物资供应：监理公司会评估工程所需的人力资源和物资供应情况，并考虑它们对工程进度的影响。他们会与施工单位和供应商协调，确保所需资源能够按时到位，以支持工程进度的执行。

5. 风险管理：监理公司会识别和评估可能导致工期延误的风险因素，并制定相应的应对措施。他们会建立风险管理计划，及时处理和解决潜在风险，以减少对工期的不利影响。

6. 进度跟踪与报告：监理公司会建立进度跟踪系统，监测和记录工程的实际进展情况。他们会定期进行进度报告，向相关方展示工程的进度状态，及时发现偏差和问题，并采取相应措施进行调整。

7. 监督与协调：监理公司会对施工单位进行监督和协调，确保其按照进度计划执行工程。他们会解决工期相关的问题和冲突，协调各方资源和利益，确保工程进度的顺利推进。

综上所述，水利工程甲级监理公司在制定进度控制方案时会综合考虑工程目标、工程分解、关键路径分析、风险管理等因素，制定详细的进度计划，并通过跟踪、报告、监督和协调等手段进行有效的进度控制，以确保项目按时完成。