水利工程甲级监理公司制定工程总体进度计划一般会考虑以下几个方面：

1. 工期分析：监理公司会对工程量、工作内容和工艺流程等进行分析，明确工程各阶段和各项工作的时间要求和节点。此外，他们会考虑到自然因素、环境因素、政策法规和非计划事件带来的影响，以充分评估工期可靠性。

2. 工期策划：监理公司会制定针对性的、可行的工期策划方案，明确各个阶段和节点的时间计划，并根据工期和施工的相关因素，提出合理的资源调配方案。同时，监理公司会收集、分析和评估数据，以便通过合理地分配资源和调整工作流程来保证工程按时按质完成。

3. 工期计划：监理公司会将工期策划转换为工期计划，并组织施工单位推广实施计划，确保工程的按时地进展。计划的编制应精细，包括了详细的工作任务和时间安排，将工期计划分解到每项工作和施工单位，以便对施工过程进行跟踪和监督。

4. 工期监督：监理公司会对施工单位的工程进度进行全程监督，并随时与施工单位进行协调，确保工程进度计划的正确性，积极防止或解决延误和推迟的问题，同时确保所涉资源合理分配，遵守工程计划时间框架，实现工程的按时开展。

通过制定工程总体进度计划，水利工程甲级监理公司可以明确工程完成时间和各个阶段的时间节点，统筹管控工程的进展情况，及时发现和解决由时间限制产生的问题，从而确保水利工程的按时如期交付且达到质量要求。