水利工程甲级监理公司在进行工程投资控制时通常会遵循以下流程：

1. 规划阶段：

   a. 确定工程目标和要求：监理公司与业主一起明确工程目标、要求以及投资控制的目标。

   b. 编制预算和投资计划：监理公司会根据工程规模、要求和设计方案编制预算和投资计划，包括建设投资、运营费用等综合考虑。

   c. 评估风险：监理公司会进行风险评估，识别和评估可能影响工程投资的风险因素，并制定相应的应对策略。

2. 设计阶段：

   a. 设计审核：监理公司会对工程设计进行审核，确保设计符合投资预算和要求，并评估设计对投资的影响。

   b. 招投标准备：监理公司会准备相关招投标文件，包括技术规范、合同条款、投标评审标准等，以提供给承包商进行投标。

3. 执行阶段：

   a. 监督施工：监理公司对施工的进行日常监督，确保工程按照合同约定进行，并符合投资预算和质量要求。

   b. 资金支付管理：监理公司会管理工程资金支付，并核对合同约定的付款申请，确保资金按照合同和投资计划进行支付。

   c. 变更管理：如有工程变更，监理公司会评估变更对投资的影响，并与承包商协商变更费用。

   d. 施工验收：监理公司参与工程的施工验收，核实工程质量、数量和安全要求，作为投资控制的一个关键环节。

4. 结算阶段：

   a. 工程量计量：监理公司进行工程量计量，确认已完成的工程数量。

   b. 财务审核和结算：监理公司对承包商提交的工程结算申请进行审核，确保结算金额与实际完成的工程量相符，并符合投资计划和预算。

   c. 报表和分析：监理公司编制投资控制报表，记录和分析实际投资情况与预算的差距，并提供相关的决策支持。

5. 监督阶段：

   a. 项目收尾管理：监理公司进行项目收尾管理工作，包括设备交付、文档归档等，确保项目按计划完成并符合投资要求。

   b. 最终审计：监理公司进行最终审计，核对投资支出和预算，总结投资控制的经验教训，并为类似项目提供参考。

通过以上的工程投资控制流程，水利工程甲级监理公司能够有效控制工程投资，确保投资的合理性和有效性，以最大程度地满足业主的需求，并确保工程的顺利实施。